Lisaks lindudele kaitstakse Matsalu rahvuspargis Lääne-Eestile iseloomulikke poollooduslikke kooslusi (loopealseid ja puisniite, ranna- ja luhaniite, roostikumassiive ja väikesaari) ja Väinamere kultuuripärandit.

Kevadeti ja sügiseti rändab Matsalu piirkonnast läbi miljoneid veelinde – Eesti läänerannik on Euroopas üks tähtsamaid puhke- ja peatuspaiku arktiliste veelindude läbirändel.

Üleujutatud Kasari luhal toituvad kevadel luiged, haned ja pardid, pärast vee alanemist tildrid ja tutkad. Rahvuspargi Väinamere ossa jääb ligi 50 meresaart ja laidu. Tondirahul pesitseb Matsalu suurim kormoranikoloonia.

Karjatatavad madalmurused rannaniidud on kevadeti olulised hanede ja valgepõsk-laglede toitumis- ja puhkealad, rannikulindudele pakuvad aga sobivaid pesitsuspaiku.

Rannaniitude pindala on kokku ligikaudu 3000 hektarit, olles seega ühed suurimad omataolised Euroopas.

Matsalu rahvuspargi ümberkaudses piirkonnas leidub enam kui 20 liiki orhideesid. Erakordselt liigirikas on aga puisniitude taimestik.