Oma koolihoone ehitamiseni jõuti 20. sajandi alguses. Paekivist müüridega kool valmis aastal 1904 ja maksis 30 000 rubla. Hoone on alles tänaseni.2012. aasta kevadeni töötas aadressil Sadama 9 linnavalitsus ja -volikogu. Hoone kõrval asub kujur Amandus Adamsoni monument.

Õppevahenditega oli merekool hästi varustatud. Oli mõeldud lähisõidu tüürimeeste ettevalmistamiseks, kuid tegelikkuses valmistati ette ka lähisõidukapteneid ning kaugsõidukapteneid ja -tüürimehi. Eksameid käidi tegemas siiski Tallinnas.

Kool töötas Paldiskis aastani 1916. Siis suleti asutus seoses maailmasõjaga ning kogu vara evakueeriti Arhangelskisse. Juba Eesti Vabariigi ajal ehk 1919 alustas tööd Tallinna merekool. Paldiski kooli taasavamine ei olnud enam päevakorras. 1922–1935 töötas vanas koolihoones Harjumaa Paldiski ühisreaalgümnaasium.