Vanasti asunud Rae mõis, toonase nimega Hobunurme, Vaskjala ja Kautjala külade vahel Prita jõe kaldal. Sealne mõisnik olnud tige vanamees, kes käratanud vihastades alati: “Söögu sind ussid!” Nii juhtunud pika vandumise järel, et nõelussid ehk maod mõisniku enda kallale hakkasid. Ei saanud neist enam kusagil asu. Küll püüdis mõisnik usse põletada ja muul moel hävitada, ent asjata. Viimases hädas lasi mõisnik ehitada elumaja keset jõge tammepostide otsa, kuid ka seal ei saanud ta ussidest rahu. Ussid kippusid temaga ka kodust väljudes kaasa. Läks mõisnik merele, olid ussid laevas platsis veel enne, kui mees ise kohale jõudis. Ei jäänud tal enam muud üle kui pattusid kahetseda ja kõigest hingest jumalat paluda. Lisaks lasi ta ka Tallinnasse vaestemaja ehitada, kuhu juurde ka väikese kiriku püstitas. Seepeale jätnud ussid mõisniku rahule ja meest ennast hakatud hüüdma pühaks Johanneseks. Tema piltki maaliti kiriku seinale, kus see veel praegugi näha on. Ka postid Pirita jões olla veel praegugi madala veetasemega näha, kuid neid sealt ära vedada ei jõua keegi. Hobunurme mõisa asemel asetseva talu nimi on aga Ussiaugu.

Legendis nimetatud vaestemaja oli pidalitõbiste haiglana rajatud Jaani seek, mis asutati ajavahemikus 1227–1237. Ajapikku sai sellest rikas asutus, mis ostis 1503. aastal Herman Lodelt 11 000 marga eest Hobunurme mõisa koos kõigi selle küladega (Pajupea, Vaskjala, Limu, Kautjala, Assaku ja Karla). Ostu-müügilepingus mainiti ka Hobunurme küla, mis sulandus hiljem teistega ja kadus nimeliselt. Jaani seegi järgi hakati nüüd mõisa nimetama Johannishof’iks.

Jaani seegile oli mõisa tarvis haigemaja toitlustamiseks, mõisas oli viljajahvatamise tuulik, küpsetati leiba ja kasvatati nuumhärgi.

Meile tuntud ja siiani kasutuses oleva nime sai Rae mõis seoses 1525. aastal Tallinna rae juures moodustatud nn jumalalaekaga. Jumalalaekasse koguti tulud, mis saadi katoliku kirikutelt, kloostritelt ja nendega seotud asutustelt võõrandatud maavaldustelt. Saadud kasum oli määratud vaeste, põdurate, kirikuteenrite ja -õpetajate ning koolide ja nende õpetajate ülalpidamiseks. 1599. aastal koondati Jumalalaeka alla kõik kirikutele kuuluvad varad, seega ka Jaani seegi varad. Sealtpeale oli mõis tegelikult Tallinna rae omanduses, mistõttu hakatigi seda Rae mõisaks kutsuma, olgugi et see polnud sugugi ainuke Tallinna linnale kuuluv mõis. 17.–19. sajandil kuulusid Tallinna raele kõnealusele mõisale lisaks veel Kautjala, Väo, Nehatu, Koitjärve ja Haabersti mõisad. Tallinna linna halduses pidi Rae mõis endiselt tagama Jaani seegi elanike toitlustamise.

Alguses organiseeris linn oma maavalduste haldamise ise. Näiteks Jaani seegiga tegelesid kaks eluaegse ametiajaga raehärrat, kellest ühe ülesandeks oli maade, sh Rae mõisa valitsemine. Talle allus mõisaga sisuliselt tegelev mõisavalitseja, temale omakorda külakupjad. 17. sajandil hakati linnamõisaid üha enam majandama rendiõiguse alusel. Põhjasõda ja katk lõpetasid aga sisulise majandamise ning uuesti jõuti linnamõisate rentimiseni alles 18. sajandi 30-ndatel aastatel. Samal ajal moodustati ka linnamõisate komisjon, mis hakkas linnamõisate valitsemistrentimist koordineerima, tulud läksid endiselt linnakassasse ja jumalalaekasse. Komisjon oli kaheksaliikmeline, esimeheks rae justiitsvõi eestistuv bürgermeister (tänapäevases mõistes linnapea). Viimane sai tasuks Rae mõisast pool lasti kaeru, Väo-Nehatu mõisast 20 koormat heinu, Vaskjalast ja Kautjalast kummastki ühe nuumsea. Komisjon tegi mõisatesse kontrollreide, kus revideeriti nii vakuraamatuid kui vaadati üle hooneid, loomi ning kohtuti vajadusel korral talupoegadega. Ühest sellisest ülevaatusest säilinud aktist on teada, et 13. aprilli 1736. aasta seisuga kuulus Rae mõisa vara hulka muuhulgas ka raudsagarate ja krampidega varustatud vangikong. Mõisaõuel seisis tunnipakk ehk päikesekell osutiga. Mõisas asus tuuleveski. Elusinventari hulka kuulusid 6 hobust, 25 künnihärga, 2 pulli, 14 lehma, 21 vasikat ja sama palju mullikaid, 14 lammast ning sama palju tallesid, 4 oinast, 3 kitse, 9 siga, 5 kalkunit ja 5 hane. Küladest kuulusid Rae mõisale tollel hetkel Karla, Vaskjala, Limu, Patika, Loopere, Iru ja Assaku; lisaks Vaskjala, Assaku, Patika, Selimäe, Iru ja Karla kõrtsid, ning Vaskjala, Kautjala ja Patika vesiveskid.

Eesti Vabariigi väljakuulutamise ajal jäi Rae mõisa omanikuks endiselt Tallinna linn. Mõisal oli maad 3444,6 hektarit, päriseks ostetud talukohti oli 20, neil maad kokku 795,3 hektarit. Välja ostetud talude arv iseloomustab hästi linnamõisa talupoja võimalusi talu mõisast välja osta; kogu praeguse Rae valla kohta oli päriseks ostetud talusid ligi 350. 1919. aastal vastu võetud maaseadusega eraldati Rae ja Kautjala mõisatest (nende kui linnamõisate tükeldamine toimus koos) 107 uut talu, moodustades kolmandiku kogu praeguse Rae valla territooriumil eraldatud kohtadest. Need kõik ei olnud muidugi viimne kui üks talud, maid anti ka seltsidele, koolidele, vallavalitsusele jne. Rae mõisasüda eraldati 51 hektari ulatuses selle senisele rentijale Jaan Jürgensonile, kes rajas sinna seletsiooniaia ja puukooli.

Et Rae mõisa puhul oli tegemist linna- ehk rendimõisa ning mitte rüütlimõisaga, seletab see paljuski praeguse säilinud mõisa peahoone välimust. Tegemist ei ole uhke häärberiga, vaid rendikorraga majandusmõisa keskusega, mistõttu polnud otstarbekas rajada mõisa juurde viivat uhket alleed ning luksuslikku peahoonet. Ka mõisa sisse sõites jõuame kõigepealt peahoone taha. Jaani seegi jõukust arvestades on aga tõenäoline, et mõisas oli kivihoonestus juba keskajal. Kindlad teated Rae mõisa kivihoonestuse kohta pärinevad 1570. aastast Balthasar Russowi kroonikast: “23. augustil langes venelastele suure saagina kätte Rae mõis ühes hospidali ja kõigi eluhoonetega, kividest ehitatud ja linnale üsna lähedal, ja nad tahtsid end selles kindlustada. Siis tungisid kõik tallinlased välja ning peksid venelased suure vapruse ja vaevaga sealt välja ja põletasid nimetatud mõisa ühes hospidali ja Rae veskiga ning kõik eluhooned maha ja tegid maatasa.“ (B. Russow, Liivimaa kroonika, Tallinn, 1993, lk. 194.)

Praegune peahoone, mis erinevalt kõrvalhoonetest on vähemalt väliselt säilinud küllaltki algsel kujul, on kõrgel soklil asetsev ühekorruseline viilkatusega historitsistlik kiviehitis, mis on ehitatud 1851. aastal. Selline aastaarv oli mõisa tagaukse kohal, enam seda näha ei ole, võib leida vaid aastaarvu katva tsemendikorra.