Selle asemel, et toetada taotlust Niguliste kirik ülaltoodud põhjusel tagastamata jätta, asus aga kultuuriministeerium seisukohale, et EELK õigustatud subjektiks tunnistamine ei olnud põhjendatud ning taotles õigusvastaselt võõrandatud vara tagastamise ja kompenseerimise Tallinna linnakomisjoni otsuse muutmist. Kuivõrd komisjon keeldus varasemate otsuste muutmisest, esitas ministeerium Eesti Vabariigi nimel kaebuse halduskohtule.

Riigikohus jättis Eesti Vabariigi kassatsioonkaebuse Niguliste kiriku tagastamist puudutava linna kasuks tehtud II astme kohtuotsuse tühistamiseks menetlusse võtmata. „Seega tunnistas ka kõrgeima astme kohus linna toimingud Niguliste kiriku tagastamise protsessis õiguslikult pädevaiks,“ rõhutas Võrk.

Tallinna halduskohus jättis 7. aprillil 2009 langetatud otsusega Eesti Vabariigi kaebuse rahuldamata ning 12. märtsil 2010 otsustas ringkonnakohus jätta rahuldamata ka sellele esitatud apellatsioonkaebuse. Riigikohus otsustas 9. juunil 2010 Eesti Vabariigi kassatsioonkaebust mitte menetleda, millega jõustusid I ja II astme kohtute otsused kaebuse rahuldamata jätmise kohta.

Pärast kohtuotsuste jõustumist puuduvad valitsusel takistused, et lõpuks lahendada Tallinna linnavolikogu poolt juba 21. augustil 2008 tehtud ettepanek jätta Niguliste muuseum-kontserdisaal kui kultuuriobjekt tagastamata, leiab linn.

„Võib liialdamata öelda, et Niguliste kirik kuulub üle-euroopalise tähtsusega arhitektuurimälestiste hulka. Niguliste kirikus praegu paiknev kunstikogu on kõige väärtuslikum ja kõrgetasemelisem vana kunsti kollektsioon Eestis,“ rõhutas Võrk.

Võrgu sõnul on erinevad kultuuriministrid kinnitanud oma valmisolekut tunnistada Niguliste tagastamisele mittekuuluvaks kultuuriobjektiks ning seda otsust on juba aastaid ette valmistatud. „Ometigi pole küsimus kunagi otsustamiseks vabariigi valitsuse ette jõudnud,“ nentis Võrk.