Hiiumaa Muuseumil on viis filiaali, mis paiknevad saare erinevates paikades. Muuseumides saab hea ülevaate Hiiumaa ajaloost alates saare tekkimisest tänase päevani.

Hiiumaa Muuseumi kollektsioon sai alguse Leisu ja Mänspäe kooli koduloolistest kogudest, mille tekkimise eest tuleb tänada innukat koduloolast, kooliõpetajat ja muuseumi esimest direktorit Volli Mäeumbaeda. Hiiumaa Muuseum avati 28. mail 1967. aastal isetegevusliku muuseumina Kassari mõisa antvärkide majas, kus asub praegugi tervikekspositsioon Hiiumaa ajaloost.

Alates 1973. aastast kuulub Hiiumaa Muuseumile Eesti kontserdimuusika ühe rajaja Rudolf Tobiase sünnikodu Käinas ning 1987. aastast Põhja – Euroopa arhitektuuri haruldase näitena Mihkli taluhoonete kompleks Malvaste külas. 1988. aastal pärandati testamendiga Hiiumaa Koduloomuuseumile Kroogi talu – 1930-ndatest aastaist pärinev kommunistlikust küüditamisest mõjutatud perekonna ainulaadne elamukompleks Valgu külas. 1998. aastast on muuseumi peamajaks Pikk Maja – endine Kärdla Kalevivabriku direktorite maja. Kõik see on andnud Hiiumaa Muuseumile võimaluse tutvustada läbi muuseumihoonete, esemete ning paikade möödunut ja tänast päeva.

Hiiumaa Muuseumi kogud on mõeldud uurimistööks, ideede andmiseks uusloominguks, näituste koostamiseks, pedagoogilisteks ja muudeks inspireerivateks tegevuseks.