EELK uus peapiiskop valitakse novembri lõpus kirikukogu poolt, kuhu kuuluvad kõigi praostkondade praostid ja sinodite poolt valitud saadikud. Iga praostkonna sinodil on õigus seada üles üks peapiiskopi kandidaat. Peapiiskopiks võib kandideerida vaimulik, kes on teeninud preestrina vähemalt 15 aastat.

Praeguseks on peapiiskopi kandidaatidena üles seatud EELK kantsler Urmas Viilma, Usuteaduse Instituudi rektor Ove Sander, Tartumaa praost Joel Luhamets, Viljandimaa praost Marko Tiitus ja Lääne praost Tiit Salumäe.