Nõukogu aseesimeesteks said Andi Saagpakk ning Olav Kreen. Nõukogu esimees ja aseesimehed valitakse igal aastal.

EPKK nõukogu liikmed valitakse organisatsiooni üldkoosolekul kolmeks aastaks. Praegune nõukogu koosseis valiti 2009. aasta juunis. Nõukogusse kuuluvad: talude esindaja Jaan Erm (Koli talu); põllumajandussaaduste töötlejate esindaja Andi Saagpakk (Saaremaa Piimatööstus); põllumajandustootmisettevõtete esindaja Aavo Mölder (Tartu Agro); tugiteenuse pakkujate ühenduste ja tulundusühistute esindajad Mati Koppel (Jõgeva Sordiaretuse Instituut), Tanel-Taavi Bulitko (Eesti Tõuloomakasvatajate Ühistu) ja Olav Kreen (PÜ Kevili); talupidajate ühenduste esindajad Mae Alviste (Põlvamaa Põllumeeste Liit), Reet Länkur (Türi Talunike Liit) ja Heikki Kuusmik (Ida-Virumaa Talupidajate Liit); põllumajandustootjate ühenduste esindajad Indrek Klammer (Virumaa Põllumeeste Liit), Urmas Ingver (Jõgeva Tootjate Liit) ja Raivo Külasepp (Eesti Aiandusliit); põllumajandussaaduste töötlejate ühenduste esindajad Jaanus Murakas (Eesti Piimaliit), Uno Kaldmäe (Eesti Leivaliit) ja Toomas Kruustükk (Eesti Lihatöötlejate Assotsiatsioon).

Nõukogu liikmed on head maaelu tundjad, EPKK nõukogus on nende tegevuse eesmärk maamajanduse ja toidusektori arenguks parimate lahenduste leidmine.

Tänasel koosolekul valiti ka EPKK toimkondade esimehed. Piimatoimkonda juhib Jaanus Murakas, lihatoimkonda Toomas Kruustük, teraviljatoimkonda Mati Koppel, maaelu toimkonda Reet Länkur ja aiandustoimkonda Raivo Külasepp.

MTÜ Eesti Põllumajandus-Kaubanduskoda tegevuse eesmärk on põllumajandustootmise, põllumajandussaadusi töötleva tööstuse ja põllumajandusele teenuseid osutava sektori tasakaalustatud arengu saavutamine, toidu kvaliteedi parandamine ja põllumajandustootjate sissetulekute suurendamine, rahuldades ning esindades nii oma liikmete ja nende liikmeks olevate isikute huve. Suhetes riigiga selgitab koda riigile põllumajandustootmise, põllumajandussaadusi töötleva tööstuse ning põllumajandusele teenuseid osutava sektori olukorda ja vajadusi ning teeb ettepanekuid asjakohaste majandushalduse meetmete rakendamiseks selles valdkonnas.