1. aprillist 30. juunini on Emajõe vanajõgedes ja sootides (alates Pedja jõe suudmest kuni Kärevere maanteesillani) ning 1.maist 15. juunini on Emajões suudmest kuni Koosa jõe alguseni kalapüük keelatud.

Emajõgi läbib Alam-Pedja looduskaitseala, kus kaitse-eeskirjaga on kehtestatud nii kalapüügil kui ka muudel tegevustel (mootorsõidukitega sõitmine ja parkimine, lõkke tegemine, inimeste viibimine jne) mitmeid piiranguid. Näiteks kaitsealal olevates loodusreservaatides on kalapüük ja inimeste viibimine aastaringselt keelatud. Alam-Pedja looduskaitseala Põltsamaa raba sihtkaitsevööndis olevates sootides on 1. veebruarist 30. juunini kalapüük keelatud ja Emajõe luha sihtkaitsevööndis olevates sootides on 15. aprillist 30 juunini kalapüük keelatud. Samuti on keelatud inimeste viibimine eelpool mainitud sihtkaitsevööndites.