Olenemata püstitatava ehitise suurusest, tuleb kaitsealadel, hoiualadel, kaitstavate liikide püsielupaikades ning teistel looduskaitseseaduse alusel kaitse alla võetud aladel järgida neile aladele kehtivaid ehitusreegleid, mis on kirjas looduskaitseseaduses ning kooskõlastada ehitis keskkonnamaetiga. Samuti on ehitusega seotud eritingimused esitatud kaitsealade kaitse-eeskirjades, mis on leitavad Riigi Teataja elektroonilisest keskkonnast.

Konkreetsed ehitust mõjutavad tingimused sõltuvad vastava kaitseala kaitse-eesmärkidest – leidub piirkondi, kus ehitustegevusele ei seata rangeid piiranguid, kuid palju on ka kaitsealasid, kuhu uusi ehitisi püstitada ei tohi. Seetõttu tuleb kaitstavatel aladel kooskõlastada iga kuni 20-ruutmeetrise ehitisealuse pinnaga püstitatav, laiendatav või lammutatav objekt keskkonnaametiga enne ehitustöödega alustamist. Selleks tuleb saata vastava hoone ehitusteatis keskkonnaameti vastava regiooni spetsialistile, erinevate regioonide kontaktandmed on kättesaadavad keskkonnaameti kodulehel.

Suuremate hoonete ning rajatiste puhul toimub ehitusteatise või ehitusloa menetlus jätkuvalt kohaliku omavalitsuse kaudu, mis on sätestatud ka ehitusseadustikus.