Selleks, et inimesed ja elusloodus ei satuks ohtlike ainete tõttu ohtu, eristatakse veekogudes lõigud ja piirkonnad, kus ohtlike ainete sisaldus võib ainete segunemise tõttu olla liiga suur. Tänaseks on sellised segunemispiirkonnad ohtlike ainete loodusesse juhtimiseks määratud Tallinna heitvee jaoks Paljassaare lahes, Kuressaare heitvee jaoks Kuressaare lahes, Pärnu heitvee jaoks Pärnu lahes ja Kohtla-Järve piirkonna heitvee jaoks Soome lahes.

Ohtlike ainete loodusesse sattumist tuleb järjekindlalt vähendada. Sellised ained ei teki reoveepuhastis, vaid enamasti tööstusettevõtetes, kes oma reovee kanalisatsiooni juhivad. Kodustest majapidamistest pärit ohtlike ainete osakaal on üldjuhul väike. Kuna selliste ainete vähendamisega on kõige otstarbekam tegeleda nende tekkekohas, tuleb tootmistehnoloogiaid kaasajastada, tõhustada tootmises kasutatavaid veepuhastusmeetmeid või asendada juba kasutusel olevad ohtlikud ained vähem ohtlikega.

Samuti tuleb paljudel vee-ettevõtjatel lähiajal selgeks teha, mida nende kanalisatsiooni tegelikult juhitakse ning kas ja milliseid meetmeid on võimalik ohtlike ainete loodusesse juhtimise vältimiseks rakendada.

Ohtlikud ained on näiteks raskemetallid – elavhõbe, hõbe, vask, plii, nikkel, kroom, tsink jms. Lisaks mitmesugused sünteetilised ained, mis pärinevad kas ravimitest, taimekaitsevahenditest või tööstuslikest protsessidest. Ohtlike ainete sisaldus Eesti veekogudes on üldjuhul normide piires ent probleemsed võivad olla need kohad veekogudes, kuhu juhitakse heitvett või sademevett.

Samuti esineb kuritahtlikke juhtumeid, kus ilma loata ja salaja juhitakse veekogusse ohtlikke aineid.