Alates 2006. aastast Eesti Maaülikooli põllumajandus- ja keskkonnainstituudi taimefüsioloogia osakonna juhatajana töötava Niinemetsa juhtimisel on 2011. aastal loodud Keskkonnamuutustele kohanemise tippkeskus ENVIRON, mis on üks maailma paremini varustatud ja tunnustatud keskustest taimede keskkonnastressi ning taimede ja atmosfääri vastasmõjude uurimiseks.

„Loodud uued eksperimentaalsed teadussuunad omavad suurt praktilist väärtust mõistmaks taimede levikut maakera ökosüsteemides ning taimede kohanemist globaalselt muutuvatele kliimatingimustele, samuti mõistmaks ja ennustamaks taimede rolli õhu kvaliteedi ja kliima määramisel,“ selgitas Sepp.

Niinemets on teinud teadustööd läbi põhiliste maakera ökosüsteemide, tundrast troopikani ning teinud koostööd ja avaldanud ühisartikleid enam kui 500 teadlasega 40-st erinevast riigist. Kokku on Niinemets avaldanud rohkem kui 200 teadusartiklit, mida on kokku tsiteeritud enam kui 8000 korral.

Niinemetsa töid on avaldatud keemia, füüsika, maateaduse, atmosfääriteaduse, biogeograafia, ökoloogia, ökotoksikoloogia, taimefüsioloogia, keskkonnateaduse ja paleontoloogia ajakirjades – silmapaistvamad tulemused on avaldatud juhtivates laia levikuga teadusväljaannetes nagu Nature, Nature Geoscience, Proceedings of the National Academy of Sciences of USA, Trends in Ecology and Evolution, Trends in Plant Science, Annual Review of Ecology, Evolution and Systematics, Global Change Biology, Atmospheric Chemistry and Physics, Journal of Geophysical Research, Paleobiology, Chemosphere jpt.

Ülo Niinemets on esimene eesti teadlane, kes lülitati ISI Essential Science indicators andmebaasi kahes erinevas kategoorias ning samuti esimene eesti teadlane, kes sai Euroopa Teadusnõukogu edasijõudnud teadlase granti.