Uue aastatuhande alguseks olid Rapla Piima asemele tulnud aktsiaseltsid Lacto ja Rapla Dairy erinevate mahhinatsioonide, aga ka Eesti põllumajandust tabanud majanduskriisi tõttu sattunud majandusraskustesse. Pankrotiprotsessis süüdistati Haidarit miljonite kroonide omastamises ja riigile kahju tekitamises. Teda karistati tagaselja nelja-aastase vabadusekaotusega.

2009. aastal andis Harju maakohus välja Afganistani piimaärimehe Mohammad Yaqub Haidari kohta Euroopa vahistamismääruse. Kohtumääruse järgi vahistatakse Haidari kohe, kui ta peaks saabuma Euroopa Liidu piiridesse.

Mohammad Yaqub Haidari ise on süüdistusi tõrjunud ja väitnud, et tegelikult olevat ta sattunud poliitilise tagakiusamise ja siinse maffia ohvriks.