Keskkonnaministeeriumil ei ole kindlat seisukohta, mida keskkonnaregistriga tulevikus teha. Riigikontrolli hinnangul tuleks keskkonnaregistri edasine staatus kiiremas korras otsustada.
Kuigi Keskkonnaministeerium kasutab näiteks strateegiliste eesmärkide täitmise hindamiseks infosüsteeme küllaltki hästi, ei ole siiski küllaldaselt analüüsitud, millised andmed on igapäevaste otsuste tegemiseks kasutajate jaoks olulisemad. Muu hulgas näitas audit, et keskkonnavaldkonna andmekogude praegune ülesehitus võimaldab tekkida andmevigadel ning põhjustab asjatut ajakulu andmete töötlejatele.

Kõige suurem on see probleem taas keskkonnaregistris – andmete alamsüsteemidest sinna ülekandmisel tekib (enamasti tehnilistel põhjustel) vigu, kõiki neist vigadest ei suuda tuvastada ka täiendavad kontrollid.

Asjatut ajakulu põhjustab mõne keskkonnainfosüsteemi (nt keskkonnalubade infosüsteem ja maakataster) andmekogumisprotsesside vähene automatiseeritus. Selle probleemi lahendamisega keskkonnaasutused juba tegelevad.

Kuigi avalikkusele vajalik keskkonnainfo (nt välisõhu ja joogivee kvaliteet, elamukrunti puudutavad kitsendused jt) on enamasti kättesaadav, on see info olemas siiski vaid suuremate linnade kohta, kuna mujal seda infot lihtsalt ei koguta. Lisaks võtab info leidmine märkimisväärselt palju aega (ühe objekti kohta keskmiselt 3,5 tundi), ning kui keskkonnanäitajale (nt õhu kvaliteet) on kehtestatud normid, siis sageli peab inimene ise veel uurima, kui suured need on, sest info kõrval pole näidatud, milline on norm.

Keskkonnainfosüsteemide arendamisel on üldiselt välditud andmekogumise dubleerimist, samas ei ole pööratud piisavalt tähelepanu nende süsteemide jätkusuutlikkusele. Ka hanked on

Riigikontrolli arvates korrektselt tehtud, kuigi aastaid vaid ühe arendaja käes olnud süsteemide puhul (maakataster, Eesti looduse infosüsteem) peaks ministeerium arendaja võimaliku loobumisega seotud riske põhjalikumalt kaaluma. Problemaatiline on ka, et juba aastaid tagasi kohustuslikuks muutunud infoturbenõudeid ei ole enamiku infosüsteemide puhul täidetud.

Keskkonnaministeerium nõustus üldiselt enamiku soovitustega, pidades siiski vajalikuks rõhutada, et valitsemisalas ei koguta mittevajalikke andmeid, kuna nende koosseis tuleneb õigusaktidest, arengukavadest jm dokumentidest.

Ministri sõnul on alustatud mitmeid põhimõttelisi muudatusi, et olukorda parandada. Keskkonnaagentuuri ja Keskkonnaministeeriumi Infotehnoloogiakeskuse loomine peavad aitama tagada keskkonnaandmete mõtestatuma kasutamise. Järgmise sammuna plaanitakse korrastada andmete kogumise protsess ning määrata sealhulgas andmete kogumise eest vastutavad struktuuriüksused. Keskkonnaregistri loogilisema ülesehituse analüüsi on juba alustatud.