Sõnniku, silo ja väetiste hoidmine peab olema keskkonna jaoks turvaline, kõik hoidlad peavad olema lekkekindlad, neist ei tohi midagi pinnasesse imbuda, sest sealt võib see jõuda põhjavette ja veekogudesse. Sõnnikuauna ja maa peal hoitava silo asukohad tuleb hoolikalt valida, maapind eelnevalt ette valmistada ja aunad katta.

Oluline on ka silmas pidada, et laudal, kus peetakse üle 10 loomühiku loomi, peab olema sõnnikuhoidla. Erandiks on 8 kuu sõnnikut mahutav sügavallapanuga laut, mis peab kindlasti olema ka lekkekindel.

Samuti tuleb sõnnikut ja väetist laotada lubatud ajal ja viisil, tuleb kinni pidada piirangutest veekaitsevööndis ja kaldega aladel. Sõnnikut ei tohi laotada külmunud maale ning põllule laotatud sõnnik tuleb kahe ööpäeva jooksul sisse künda. Väetise kasutamine veekaitsevööndis on keelatud.

Taoliste vee kaitse ja kasutamise korra rikkumiste eest näeb veeseadus ette trahvi eraisikule kuni 100 trahviühikut ehk 400 eurot ja ettevõtetele kuni 2000 eurot.

Keskkonnanõuete täitmine loomapidamisel ja taimekasvatuses on väga oluline, sest erinevate uuringute põhjal on põllumajanduse osakaal hajareostuses 65 –80 protsenti.

Keskkonnainspektsioon pöörab suuremat tähelepanu põllumajandustootjatele, kelle tegevus toimub kaitsmata põhjaveega alal või kus põhjavesi on muutunud joogikõlbmatuks.

Veeseaduse nõuete rikkumiste koguarv ei ole viimastel aastatel ei ole langenud: 2013. aastal tuvastas Keskkonnainspektsioon 115 rikkumist, 2012 – 133 rikkumist, 2011 – 100 rikkumist ja 2010 – 121 rikkumist.