Kõik teadaolevad pesitsuskohad asuvad Eesti madalamates piirkondades, näiteks Alam-Pedjal ja Koiva jõe ääres. Tarvis on jätkata niitude hooldamist ja taastamist, sest ilma sellise looduskaitselise tegevuseta lindudele elulise tähtsusega maastikud hävivad.

Suurim oht suur-konnakotkaste säilimisel on ristumine väike-konnakotkaga, keda on Eestis ligi kümme korda rohkem. Ristumise tulemusel tekivad nende liikide vahelised hübriidid, ent meie praegused teadmised ei anna täielikku ülevaadet ristumise põhjustest ja tagajärgedest. Nende väljaselgitamiseks võetakse lindudelt DNA-proove ja tehakse geenianalüüse.

Andmed Eesti suur-konnakotka bioloogiast on mitmes aspektis veel üsna napid, vaja on rohkem teada tema kodupiirkonnast, rändest ja talvitumisest.

Ristumist on raske otseselt takistada, kuid seda on võimalik vähendada, näiteks suurendada suur-konnakotka arvukust, parandades tema elutingimusi. Eestis on 5–10 suur-konnakotka pesitsusala, millest üle poole on asustanud suur- ja väike-konnakotka segapaarid.

Suur-konnakotkas on kõige haruldasem Eestis pidevalt paiknev kotkas, kelle arvukus kogu maailmas on languses. Veel möödunud sajandi lõpuaastatel oli suur-konnakotka arvukushinnang Eestis vähemalt kaks korda kõrgem.

Viimaste aastate uurimistulemused Eestis ja ka mujal Euroopas on meie teadmisi sellest liigist märgatavalt suurendanud, mis on olnud abiks nende kaitsel.

Paranenud on suur-konnakotkaste pesapaikade säilimisvõimalus, sest paljud varem teadmata pesapaigad on leitud ja kaitstud. Samal põhjusel on vähenenud ka lindude pesitsusaegse häirimise oht.