Ekspordi peamisteks sihtriikideks on meie lähiriigid, kuid kaupu veetakse peaaegu kõikidesse maailmajagudesse, kirjutab statistikaamet oma blogis. Kui vaadata kaardilt, siis Euroopa 51 riigist on katmata vaid mõni väike laik – Liechtenstein, Andorra, Kosovo, Vatikan ja Monaco, kuhu 2013. aastal ei eksporditud ühtegi Eesti päritolu põllumajandussaadust ega toidukaupa. Aasias asuvast 49 riigist on Eesti tooteid eksporditud 27-sse, Aafrika 59 riigist 13-sse. Ameerika 53 riigist 13-sse viiakse Eesti päritolu tooteid. Austraaliat ja Okeaaniat vaadates on näha, et Eesti ekspordib vaid Austraaliasse ning 2013. aastal Antarktikasse Eestist põllumajandussaadusi ja toidukaupu ei eksporditud.

Kuni 1998. aastani veeti põllumajandussaadusi ja toidukaupu peamiselt Venemaale, mille osatähtsus Eesti vastavas ekspordis ulatus 1994. aastal koguni 44%-ni. Tähtsad ekspordi sihtriigid üheksakümnendatel aastatel olid veel Holland, Läti, Leedu ja Ukraina. Venemaa osatähtsus hakkas kahanema koos rubla väärtuse vähenemisega ja 1999. aastaks kahanes Venemaa osatähtsus Eesti põllumajandussaaduste ja toidukaupade ekspordis 9%-ni. Samal ajal suurenes aga väljavedu Hollandisse ja Lätti. Läti osatähtsus põllumajandussaaduste ja toidukaupade ekspordis on 1998. aastast alates olnud 15–20%. Madalseis Venemaale ekspordis jõudis kätte 2003. aastal, kui väljavedu sinna moodustas vaid 4% Eesti põllumajandussaaduste ja toidukaupade ekspordist. 2004. aastal elavnes eksport Venemaale ning 2013. aastal oli Venemaa kõige tähtsam Eesti põllumajandustoodete ja toiduainete ekspordi sihtriik, kuid tema osatähtsus selles ekspordis oli langenud 19%-ni.

Pärast 2004. aastat on oluliselt suurenenud Soome ekspordi osatähtsus Eesti põllumajandussaaduste ja toidukaupade väljaveos. Kui 1993. aastal oli Soome osatähtsus Eesti põllumajandussaaduste ja toidukaupade ekspordis 6%, siis 2004. aastal 11% ning 2013. aastal juba 17%. Samas on vähenenud Hollandisse, Saksamaale ja Ukrainasse väljaveo osatähtsus – see on nende riikide puhul kahanenud vähemaks kui 5%. Ekspordi vähenemist Ukrainasse mõjutas oluliselt vabakaubanduslepingu katkemine. Kui enne EL-iga liitumist eksporditi peamiselt Hollandisse ja Saksamaale, siis pärast seda on kasvanud lähiturgude – Leedu ja Soome – osatähtsus Eesti põllumajandussaaduste ja toidukaupade ekspordis.