Eestis peaks elama kuni 10 paari suur-konnakotkaid
Liigi tõhusamaks kaitseks on oluline suurendada teadmisi suur-konnakotka elust ja tagada neile sobivad elutingimused. Suur-konnakotkas on pesitsus- ja saagialade eelistustelt väga valiv. Tema saagi-jahialadeks on eelkõige looduslikud ja poollooduslikud lamminiidud, aga ka kultuur-rohumaad, mida regulaarse majandamisega hoitakse kulustumast ja võsastumast. Kõik teadaolevad pesitsuskohad asuvad Eesti madalamates piirkondades, näiteks Alam-Pedjal ja Koiva jõe ääres. Oluline on jätkata niitude hooldamist ja taastamist, sest ilma sellise looduskaitselise tegevuseta lindudele elulise tähtsusega maastikud hävivad.
Suurim oht suur-konnakotkaste säilimisel on ristumine väike-konnakotkaga, keda on Eestis ligi kümme korda rohkem. Ristumise tulemusel tekivad nende liikide vahelised hübriidid, ent meie praegused teadmised ei anna täielikku ülevaadet ristumise põhjustest ja selle tagajärgedest. Nende väljaselgitamiseks võetakse lindudelt DNA proovid ja tehakse geenianalüüse.
Andmed Eesti suur-konnakotka bioloogiast on ka mitmes teises aspektis veel üsna napid, vaja on rohkem teada tema kodupiirkonnast, rändest ja talvitumisest. Ristumist on raske otseselt takistada, kuid seda on võimalik vähendada kaudsete tegevustega, näiteks suurendada suur-konnakotka arvukust parandades tema elutingimusi. Eestis on 5-10 suur-konnakotka pesitsusala, millest üle poole on asustanud suur- ja väike-konnakotka segapaarid.
Suur-konnakotkas on kõige haruldasem Eestis pidevalt esinev kotkas, kelle arvukus kogu maailmas on languses. Veel möödunud sajandi lõpuaastatel oli suur-konnakotka arvukushinnang Eestis vähemalt kaks korda kõrgem. Seetõttu kuulub ta kõige haruldasemate ja enim kaitset vajavate linnuliikide hulka. Viimaste aastate uurimistulemused Eestis ja Euroopas on meie teadmisi sellest liigist märgatavalt suurendanud, mis on olnud abiks nende kaitsel. Paranenud on suur-konnakotkaste pesapaikade säilimisvõimalused, sest paljud varem teadmata pesapaigad on leitud ja kaitstud. Samal põhjusel on vähenenud ka lindude pesitsusaegne häirimise oht.
Esimene kava suur-konnakotka kaitse plaanimiseks koostati 1999. aastal, teine koostati 2005. aastal ning äsja kinnitatud kava on järg kahele eelmisele. Tegevuskava koostamist rahastati Euroopa Regionaalarengu Fondi vahenditest. Kava viivad ellu Keskkonnaamet, RMK ja Keskkonnaagentuur, kes arvestavad sellega ka oma tööplaanide koostamisel ja kaitsekorralduslike tegevuse kavandamisel.
Kinnitatud suur-konnakotka kaitse tegevuskavaga saab tutvuda SIIN.
