Osa neist asus tööle ministeeriumile alluvates maakondlikes keskkonnateenistustes, osa Keskkonnainspektsiooni kohalikes osakondades. Mereinspektsioon ja Keskkonnainspektsioon liideti, ühendatud asutuse nimeks jäi Keskkonnainspektsioon. Kaotati Metsaamet. Ühendasutus alustas tööd 2000. aasta algusest.