Kuivõrd VTA ei rahuldanud esitatud vaiet, pöördus EHS Tallinna halduskohtusse, mis oma 1. novembri 2012 otsusega leidis, et EHS-i õigusi on rikutud ning tühistas VTA otsuse. Kohus leidis, et VTA on vääralt tõlgendanud Põllumajandusloomade aretuse seaduse sätteid, millega on kehtestatud originaaltõuraamatut pidava ühingu staatus ja õigused.

Halduskohtu otsusele esitasid apellatsioonikaebuse nii VTA kui VTHÜ ning 16. jaanuaril 2014 tühistas Tallinna Ringkonnakohus halduskohtu otsuse, leides, et EHS-il kui kolmandal isikul kaebeõigus üldse puudus ja tema õigusi ei ole rikutud.

Kohtuvaidlust jätkates juhib EHS tähelepanu, et tegemist ei ole pelgalt juriidilise vaidlusega ühe või teise ühingu formaalsete õiguste ümber, vaid jutt käib tori hobusetõu saatusest. Tori hobuste arvukus on kahanenud piirini, kus igasugune killustatus ja isetegevus aretustöös võib reaalselt ohtu seada tõu säilimise üleüldse.

Tori hobuse originaaltõuraamatu pidajana väljendab EHS tõsist muret ja protesti, et Eesti riik VTA näol on algatanud protsessi, millel võivad olla traagilised tagajärjed tori hobusele kui osale eesti kultuuripärandist