Kaljukotkaid on Eestis hinnanguliselt umbes 60 paari. Eesmärk on 2027. aastaks arvukus tõsta 80 paarini. Kaljukotkaste populatsiooni mõjutab kõige enam toitumisalade hävimisest ja kvaliteedi langusest tingitud saakloomade arvukuse vähenemine. Järjest enam muutub ohutegurina arvestatavaks ka häirimine (nt loodusmatkajad).