Indrek Halliste töötab alates 2012. aastast põllumajandusameti juhina, aastatel 2010-2012 oli ta samas õigusosakonna juhataja, aastatel 2002-2010 töötas ta veterinaar- ja toiduameti juristina.

Indrek Halliste asub veterinaar- ja toiduameti peadirektorina ametisse alates 7. märtsist 2016. Põllumajandusameti peadirektori kohuseid täidab uue juhi leidmiseni peadirektori asetäitja Egon Palts.

Riigisekretär kuulutas avaliku konkursi VTA uue peadirektori leidmiseks välja 12. jaanuaril. Kandideerimiseks esitas sooviavalduse viis inimest, kellest kolm sai edasi vestlusvooru. Valikukomisjon otsustas esitada maaeluministrile VTA peadirektori kohale nimetamiseks Indrek Halliste.