Alaküla, Aruküla, Hagaste, Harju, Hausma, Hellamaa, Heltermaa, Hiiessaare, Hilleste, Kalgi, Kerema, Kukka, Kuri, Kõlunõmme, Leerimetsa, Linnumäe, Loja, Lõbembe, Lõpe, Määvli, Nõmba, Nõmme, Palade, Paluküla, Partsi, Pilpaküla, Prählamäe, Puliste, Pühalepa, Reikama, Sakla, Salinõmme, Sarve, Soonlepa, Suuremõisa, Suuresadama, Sääre, Tammela, Tareste, Tempa, Tubala, Undama, Vahtrepa, Valipe, Viilupi, Vilivalla ja Värssu külad. Neist suuremad on Suuremõisa ja Lõpe külad. Ühtegi inimest ei ela Määvlis ja Leerimetsas. Eesti Entsüklopeedia annab Pühalepa esimese teadaoleva mainimise (Pwyelepp, Poyleppi) daatumina aasta 1522.

Käesolevate ridade kirjutaja on leidnud aga veelgi varasema kuupäeva - 22. märtsil 1470 sai keegi Herman Nagel ordumeister Johann Wolthuss van Heerse'lt im kerspell tho Poilep up Dageden 2 adramaad asustatud ning 2 adramaad ülesharimata maad endale ja oma järeltulijatele, mis praeguse uurituse taseme juures peaks olema Pühalepa varaseim teadaolev nimeline maining. Nime on kirjutatud mitmel erineval viisil: Poilep, Poylepp, Poylow, Poulup, Pöylepp, Pöyle, Pöllipe, Pölipe, Poÿlipe, Poyläppi, Poyläppe, Poyolep, Pohia läp, Pöalep, Pöÿelep, Pohilep, Pöhalep, Poaleps, Pöhalep, Pühhalep, Pohilep, Pöhalep, Pühhale, Pühalepa. Viidatud nimevormid sõltusid suuresti kirjutaja rahvusest, keeleoskusest, aga ka üldisest anarhiast grammatikavallas.

Rahvajutt annab Pühalepa nime tekkeks mitu versiooni: Üks jutustab, et tänase kiriku kohal olnud ennemuiste pühade leppade hiis.

Teine räägib sellest, et kirikut hakati ehitama hoopis mujal (Kuris või Kallaste pangal), aga et päeval ehitatud seinad öösel maha varisenud, otsustati kirikule otsida uus paik ning selle asukoha leidmine jäeti õnneliku juhuse hooleks. Heltermaal rakendati praegu kirikuesisel platsil asuva pika laperguse kivi ette kaks musta härga ning aeti need liikvele. Kirik otsustatud ehitada sinna, kuhu härjad jäävad puhkama. Metsas sattunud härjad vastu lepapuud, jäid oma koormaga puu taha kinni ning heitnud sinna maha. Nii ollagi leitud kiriku asukoht ja ristitud see pühaks kuulutatud lepa järgi.

Kolmas versioon väidab aga, et iga ümbruskonnas elav noor mees, kes merele läks, tõi kiriku-lähedasele Otimäele merega lepingu sõlmimiseks ühe kivi, mida kutsutudki „põhilise leppe kivideks", ja mis andnud nime ka kogu ümbruskonnale.

Kohanimesid analüüsides tuleks siiski kohanime tõlgendada kui 'põhja lõpu'. Seda oletust toetab ka aluspõhja geoloogia: kirikust ühele poole jäävad õhukese mullaga paepealsed alad, teisele poole tunduvalt sügavamad ja viljakamad mullad.

Pühalepana on tuntud kirikukihelkonda, vakust, mõisat, mõisavalda, valda, külanõukogu ja küla. Pühalepa kiriklik kihelkond hõlmas 1254. aastast 16. sajandi keskpaigani saare kirde- ning põhjaosa ja Kassari idapoolse osa - nn ordumaad. Kihelkonda kuulus 16. sajandil 9 vakust - 2 rootsi ning 7 eesti vakust, seejuures viimastest 2 tegelikult Kassaril, nii et tänase Pühalepa valla piiridesse jäid: Pühalepa, Sarve, Hellama, Kukka, Palu, Kärdla ning osa Reigi vakusest. Vakused olidki keskajal need peamised omavalitsusüksused, mis jaotasid koormisi ning püüdsid eeldatavasti pakkuda ka vastastikust abi ja kaitset.

Oletatakse, et vald eksisteeris mingi sugukonnavälise võimuna juba ka muinasaja kihelkonnalise jaotuse ajal. Kindlasti olid vallad aga olemas 17. sajandi lõpul - 18. sajandi alguses, tähendades rootsi aja lõpul mõisamaad, koos sellel elavate pärisorjadega. Pühalepa valla maal on asunud Suuremõisa , mille esimene teadaolev mainimine pärineb aastast 1519. aastast, kui tänases Suuremõisas valdas maad Johan Starke. (Tema mõisat nimetati siis veel Pühalepa mõisaks „hoff to Poylow imme kerspel to sunte Laurencius".) Lisaks veel kirikumõis Keremal, Valipe mõisake (varaseim teadaolev daatum tema eksisteerimise ajast pärineb aastast 1529), Hiiessaare (1580-ndate aastate teine pool), Partsi (1591), Vilivalla ja Loja (1783), Soonlepa (1777), Randvere ja Kärdla mõisad (1810), ratsuriläänina eksisteeris kusagil rootsi aja alguses ka Krossa (1584). Mõne juurde käis ka väiksem karjamõis, kuid elanikkonda kamandati ning arvestati nimetatud mõisate järgi.

1802. aasta septembrist Eestimaa kubermangus kehtima hakanud talurahvaseadus tekitas uue institutsioonina vallakohtu, millel oli ka politsei- ning haldusülesandeid. See oli üle pika aja esimene mingisuguseidki poliitilisi õigusi omav organ eesti talupojakogukonnas. 23. mail 1816 kinnitas Aleksander I Eestimaa talurahvaseaduse „Ehstländisches Bauer- Gesetzbuch ", eesti keeles „Eestima Tallorahwa Seadmissed". Selle seadusega anti talupojale isiklik vabadus. Ta hakkas ise maksma pearaha ja muid riigimakse ning hoolitsema magasiaitade funktsioneerimise eest. Eestimaa kubermangus 1816. aasta talurahvaseadus vallakohtu küll kaotas, kuid tekitas nüüdsest isiklikult vabadeks saanud talupoegade kui riigikodanike jaoks ka talurahva omavalitsused ehk vallad. Need langesid kokku mõisate piiridega. Kogukonnavalitsus pidi kindlustama talurahvale pandud mõisa- ja riigikoormiste täitmise, hoolitsema vaeste ja haigete eest, pidama ülal koole ja valvama korra järele oma territooriumil. Peremeeste hulgast valiti täisealiste meeste hääletamise tulemusel vallatalitaja. Vallad hakkasid kogukonna elukorralduse reguleeriva organina üle võtma funktsioone, mis enne olid mõisnike käes. Mõisa kontroll aga säilis - vallatalitaja kinnitas ametisse mõisnik ning mõisnik kontrollis ka kogukonna tegevust. Tegelikult koosnes toonane mõisavald kahest osast - talupojamaast ja mõisamaast. Vallavõim käis talupojamaa üle - mõisarahvas end vallakodanikeks ei pidanud. 1866. aasta Baltimaade vallaseadus vabastas talupojakogukonnad sellest mõisa „eestkostest" ja vald muutus riiklikuks haldusüksuseks, jäädes oma territooriumilt aga ikkagi enamasti veel ühe mõisa piiridesse.

19. sajandi keskel oli tänase Pühalepa valla territooriumil 8 mõisavalda: Suurvald, Soonlepa, Vilivalla ja Loja, Partsi, Randvere, Kärdla, Vabrikuvald ja Kirikuvald . Hanikatsi laid jäi Kassari mõisavalda ning Tareste kant Kõrgessaare mõisavalda.

1889. aasta talurahvaasutuste reformi järel algas valdade suurendamine ning ajavahemikus 1891-1893 liideti enamus väikesi valdu suuremateks ja tegusamateks üksusteks. Pühalepa valla maa-alale jäid Suuremõisa vald ja Kärdla Vabrikuvald . Suurevalla keskus viidi Kerema küla Kasevälja koolist Reikama külla.

1917. aasta 21. maist pärinev Vallasemstvo seadus kaotas valla seisuslikkuse, hõlmates omavalitsusüksusena nüüd ka mõisamaad. Vald oma volikogu ja vallavalitsusega muutus esimese vabariigi ajal tõeliseks omavalitsusüksuseks. Eesti Vabariigi põhiseadus käsitles valdasid keskvõimu esindajatena.

Teise Maailmasõja järgseil aastail tulid riigivõimu muutustest tulenenult uued rõhuasetused ja kohalikuks omavalitsusorganiks sai külanõukogu. 1945. aasta suvel moodustati Pühalepa valla territooriumile Pühalepa valla allüksusteks 3 külanõukogu: Suuremõisa, Pühalepa, Palade. Paraku puudusid külanõukogudel esialgu reaalsed võimalused kohalikku elu edendada ning tegelik asjaajamine käis vallavalitsuses edasi kuni 1950. aastani, kui vallad nimetatud aasta oktoobris likvideeriti. 1950. aastate keskel algas ka külanõukogude taasühendamine suuremateks üksusteks (see protsess lõppes aastal 1965).

Külanõukogu - täieliku nimega Küla Töörahva Saadikute Nõukogu, 1977. aastast Rahvasaadikute Nõukogu - oli ikkagi rohkem poliitilise kallakuga haldusorgan. Rahva tegelikku elu mõjutasid sõjajärgsel ajal ikkagi peamiselt kolhoosid. Pühalepa maa-alal moodustati 1949. aasta kevadel 19 kolhoosi: Arukülas Majakas; Sarvel, Soonlepas, Salinõmmes Nõukogude Kalur; Hillestes Viisaastak; Vahtrepal Sirp ja Vasar; Värssos, Pulistes ja Hagastes Kommunismi Tee; Alal, Saklas ja Lõpel Sakala; Hausmas, Heilul ja Kärdla asunduses Hiiu; Keremal Raudkivi; Suuremõisas, Valipes ning Pühalepas Võitlus; Palukülas ja Hiiessaares Kalevipoeg; Lõbembel, Kukkal, Paladel ning Kõlunõmmel Kalju; Tubalal ja Määvlil Tubala; Kalgis ja Viilupis Sotsialismi Tee; Kuris ja Säärel Punane Täht; Lojal Sangar; Nõmbas Uus Nõmba; Vilivallas, Undamal ja Tammelas Võit; Hellamaal, Tempal ja Reikamal Hellamaa ning Partsis, Harjul ning osas Reikamast August Alliku nimeline kolhoos.

1960. aastate keskpaigaks jäid majandite ühendamise järel Pühalepa külanõukogu territooriumile alles Putkaste sovhoosi Suuremõisa osakond, Lenini-nimeline kolhoos ja kolhoos Rahu Eest. Suursadamas oli aastail 1961-66 kalurikolhoosi Hiiu Kalur keskus. Nõukogude aja lõpul tegutsesid Pühalepa külanõukogu maa-alal kolhoos Rahu Eest , Putkaste sovhoosi Suuremõisa osakond ning Hiiumaa Metsamajandi Tubala, Kärdla ja Käina metskonnad, samuti mõned kalurikolhoosi Hiiu Kalur allüksused.

1967. novembris põles vana vallamaja hoone Reikamal. Mõnda aega oli külanõukogu keskuseks Partsi mõis ning 1970. aastate esimesel poolel valmis uus maja Tempa külas Hellamaa teeristis. Eesti taasiseseisvumisega alanud haldusreform asendas külanõukogud taas valdadega.

Pühalepa vald taastati Eesti Ülemnõukogu otsusega 24. oktoobril 1991. 

Tule Pühalepa valla 20. aastapäevale 21. oktoobril kell 19.00 Palade kooli