Pärast Eesti okupeerimist Punaarmee poolt 1940. aasta suvel Vabadussõja muuseum suleti ja varad tuli Vene tänavalt välja kolida. Need viidi esialgu Koplisse nn Punastesse kasarmutesse. Hiljem anti kasutuskõlblik varustus Punaarmeele, osa eksponaate teistele muuseumidele, osa viidi Venemaale ja palju esemeid lihtsalt hävitati.

Uus algus ja tänane päev

Pärast Eesti iseseisvuse taastamist ja Vene vägede väljaviimist kerkis päevakorda Eesti sõjavägede ülemjuhataja kindral Johan Laidoneri endise suvekodu – Viimsi mõisa – saatus. 1990. aastate alguseni asus mõisas NSV Liidu Balti laevastiku raadioluure väeosa, mis oli jätnud hoonesse oma “kihistused”. 15. septembril 1993 otsustas Viimsi vallavolikogu rajada mõisa Viimsi valla muuseumi, mis asus koguma eeskätt Johan Laidoneri isikuga seotud esemeid ja teavet.

26. veebruaril 2001 asutati kaitseministri määrusega Eesti Sõjamuuseum – Kindral Laidoneri Muuseum, mis asus Viimsi mõisa ja võttis üle valla muuseumi ruumid. Eesti Sõjamuuseumi taastamine algas tühjalt kohalt, sest sõjaeelsed varad olid hävinud või laiali jaotatud. Jätkati vallamuuseumi perioodil loodud kogude täiendamisega. Õnneks oli paljudel Eesti inimestel jätkunud julgust ja külma närvi säilitada väga väärtuslikke Eesti sõjaajalukku kuuluvaid esemeid, arhiive jms ja seda kohati sõna otseses mõttes maa all ja ahjutruupides. Neid esemeid ja dokumente hakati sõjamuuseumile annetama või üle andma. Täna on Eesti Sõjamuuseum meie sõjaajaloo ja kultuuripärandi koguja, säilitaja, uurija ja eksponeerija. Sõjamuuseumi ülesannete hulka kuulub ka Eesti kaitseväe ajaloo pidev talletamine, sõjaajalooalaste teadmiste levitamine nii kaitseväelaste, riigikaitseõpetajate, kooliõpilaste kui ka laiema avalikkuse seas, sõjaajaloo teaduslike ja aimeraamatute väljaandmine, koostöö Eestis ja välismaal asuvate sõjamuuseumide ja sõjaajaloo uurimiskeskustega ning palju muud.