Iseseisev Narva-Jõesuu kogudus moodustati kohalikest elanikest 1903.a. Kogudus oli nii eesti- kui saksakeelne. Koguduse esimeseks õpetajaks valiti Jakob Jalajas, kes teenis kogudust 1903-1910.a. Iseseisva koguduse esimese eestseisuse koosolek toimus 29.augustil 1903.aastal.

Koguduse esimeseks eestseisjaks (juhatajaks) oli valitud Eduard Dieckhoff, kirjatoimetajaks oli õpetaja Jakob Jalajas, kiriku vöörmündrid: August Holz, Robert Konga, Madis Kalmo, Karl Maibaum, Johan Brutus, Andres Brutus, Alexander Hansing, Jüri Krabo, Jüri Konga ja Andreas Lootsmann.

11.oktoobril 1906.a algatab eestseisus koguduse üldkogus toimunud hääletuse põhjal koguduse palvemaja platsile Narva-Jõesuus, Koidu tn 19 kooli ehitamise. Platsil olnud vana lagunenud palvemaja lammutatakse ja ehitatakse koos koolihoonega selle külge iseseisva osana uus palvemaja. Valminud koolihoone anti 1907.a Narva-Jõesuu Kooliseltsi palvel neile 12 aasta peale rendile ja ülalpidamisele tingimusel, et nad seal kohalike laste jaoks 2-klassilise rahvakooli avavad.

1920.a kogudusenõukogu koosoleku protokollis on märgitud kogudude suuruseks üle 2000 hinge.

Koguduse protokolliraamatu järgi peeti viimane juhatuse koosolek 14. jaanuaril 1947. Koguduses oli siis 70 liiget, kellest 1946.a liikmemaksu oli tasunud 36 liiget.

1946.a toimunud koguduste registreerimise ajal ei leidunud Narva- Jõesuus 20 isikut, kes oleksid nõustunud koguduse registreerimiseks taotlusele alla kirjutama (Peapiiskopi sekretäri A.Kurismaa vastusest Alice Gontscharskaja kirjale Peapiiskopile).

Praeguste koguduseliikmete jutu järgi ei saanud Narva-Jõesuu kirikuhoone sõjas suurt kannatada. Kirikuhoone lammutati 1954.a ning kive kasutati Narva Kreenholmi hoonete taastamiseks.

Narva-Jõesuu koguduse taassünd toimus 1992. aastal, kui diakon Ralf Alasoo algatusel taastati Narva-Jõesuu kogudus. 24.12.1992.a tuli taastatav kogudus kokku esimeseks jumalateenistuseks, mis toimus Koidu tn 19 kell 24:00.

17.01.1993.a toimus täiskogu koosolek, kus otsustati taastada Narva- Jõesuu kogudus ja esitada vastav taotlus EELK Konsistooriumile. Valiti 11-liikmeline koguduse nõukogu: Leida Mets, Silvia Remmel, Edda Eek, Aino Kruglova, Linda Reisenbuk, Eljo Varblane, Maia Pung, Ants Remmel, Agnes Kleius, Ado Jürgenson, Einar Sepp.

Juhatuse esimeheks valiti Ants Remmel, sekretäriks Edda Eek.

09.03.1993.a otsustas EELK Konsistoorium lugeda koguduse taastatuks ja võtta kogudus Viru Praostkonna koosseisu. Kirikukogu kinnitas Konsistooriumi otsuse 20.04.1993.a Alates 1992.aastast toimuvad kogudusele tagastatud majas Koidu tn 19 regulaarselt jumalateenistused. Kuni 1993.aasta detsembrini teenis kogudust diakon Ralf Alasoo, kelle ajal oli koguduseelu elav: teenistused toimusid igal pühapäeval ja kirikupühal, korraldati mitmesuguseid üritusi, töötas leerikool, peale teenistusi istuti koos kiriku kohvikus kohvilauas, vesteldi ja lauldi. 12.10.1993.a määrati koguduse hooldajaõpetajaks Peeter Kaldur.

15.03.1997.a määrati koguduse hooldajaõpetajaks Ülo Vaher, kelle ajal arendas kogudus rahvusvahelist koostööd: meid külastasid Soome Jokioise kogudus ja Saksamaa Sengwardeni kogudus, meie koguduse esindajad käisid külas Soome ja Saksamaa koguduste juures. Õpetaja Ülo Vaher teenis Narva-Jõesuu koguduses kuni 2008.aastani.

Praegu on koguduse hooldusõpetaja Avo Kiir.

Teenistusi peavad Viru praostkonna praost Peeter Kaldur, õpetajad Ülo Vaher ja Enn Salveste, oma taasloodud koguduse juurde on tagasitee leidnud diakon Ralf Alasoo.

Juba pikemat aega tegutseb koguduse juures laste pühapäevakool.

Pühapäevakooli korraldavad ja juhivad Soome kiriku vabatahtlik Raija Hirvensalo ja Kaja Teder. Raija Hirvensalo on tuntud ja tunnustatud vaimuliku töö tegija, kes on pälvinud oma töö tunnustamisena 2012. aastal EELK aukirja. Pühapäevakoolis, mille osavõtjate arv üha kasvab, käivad nii eestikeelsed kui venekeelsed lapsed oma vanematega või vanavanematega, et koos mängida, meisterdada, jutte kuulata ja laulda.