Seni on keskkonnamõjude (strateegiline) hindamine Natura 2000 aladel toimunud ainult suuremate projektide ja planeeringute puhul, kaitsekorralduskavasid ei ole hinnatud.
Eesti praktikas kui metsaomanik soovib teha raiet näiteks piiranguvööndis, peab ta esitama metsateatise nagu tavalises majandusmetsas. Mis puudutab mõjude hindamist, siis see peaks olema tehtud juba kaitseala loomise ja kaitse-eeskirja koostamise käigus.
Soomes täidetakse EU nõudmisi üsna tõsiselt, seetõttu on maaomanike algsed plaanid, mis koostatud metsaspetsialistide abiga, päris head. Sageli juhtub, et looduskaitseamet soovib maaomanike plaane veidi muuta, misjärel need siiski kinnitatakse ja need saab ellu viia.
Leedus ja Lätis on mõneti sarnane olukord Eestiga. Euroopa Komisjon on algatanud rikkumismenetluse ka Leedu suhtes, kutsudes üles Euroopa looduskaitseseadusi paremini järgima.
Natura 2000 võrgustik on küll praegu paigas, kuid mõneti on see nagu Tallinna linn, mis ei saa iial valmis. Kui näiteks looduskaitseseaduses on protsentuaalselt välja toodud, kui suur osa kaitstavate liikide elupaiku tuleb kaitse alla võtta, siis Natura kaitseväärtustel sihtarve ees ei ole.
