Maardu hiiemets on ka eraldi kaitse all loodusliku pühapaigana. Maavalla koda taotleb loa tühistamist, sest Maardu hiiemetsa piirid ei ole siiani õiguspäraselt määratud ning luba on antud pärimusliku hiie alale.

2010. aastal müüs Keskkonnaministeerium metsafirmale OÜ Eremka kinnistud, millel asub kultuurimälestiseks tunnistatud Maardu hiiemets.

2. aprillil 2011 alustas OÜ Eremka Keskkonnaameti loal hiiemetsas lageraiet. Enne kui kohalike elanike ning avalikkuse pahameel hävitustöö peatas, jõuti maha raiuda ligikaudu 3 hektarit haruldast sanglepikut.

Juunis võeti Muinsuskaitseameti looduslike pühapaikade ekspertnõukogu ettepanekul Maardu Hiiemets pooleks aastaks ajutise kaitse alla piirides, mis kattus üldjoontes nii rahvapärimuse kui ka senise kaitsekorralduse andmetega.

Kuid 28. detsembril 2011 koostas muinsuskaitseameti arheoloogiamälestiste peainspektor Ants Kraut ekspertarvamuse, mille kohaselt Eremka OÜ-le kuuluvat maad ei ole vaja hiiena kaitsta. Muinsuskaitseamet väljastas selle alusel 25. jaanuaril 2012 Eremka OÜ-le loa, kuigi hiiemetsa kui kultuurimälestise piire ja kaitsevööndit ei ole siiani õiguspäraselt määratletud.