Keskkonnaamet on jagatud kuueks regiooniks: Harju, Järva ja Rapla; Jõgeva ja Tartu; Hiiu, Lääne ja Saare; Pärnu ja Viljandi; Põlva, Valga ja Võru ning Ida-Viru ja Lääne-Viru regiooniks. Ainsana on täitmata veel Viru regiooni juhi ametikoht, kuid Onemari sõnul on sinna plaanis inimene leida nii kiiresti kui võimalik.

15 maakondliku keskkonnateenistuse, riikliku looduskaitsekeskuse ja kiirguskeskuse ühinemisel loodud keskkonnaametis hakkab tööle 416 inimest. Koondada tuli 84 inimest. Keskkonnaminister Jaanus Tamkivi sõnul annab ametite ühendamine aastas rahalist kokkuhoidu 20 miljonit krooni.