Riigikontroll auditeeris, kas EKFi toetused on aidanud kaasa kalalaevastiku kohandamisele ELi nõuetele ning kalandusega seotud taristu arendamisele. Perioodil 2007–2013 on Eestil plaanis EKFi kaudu jagada 112,8 miljonit eurot toetusi, millest 2013. aasta juuliks oli välja makstud veidi üle poole. Auditeeritud meetmete eelarve oli 55 miljonit eurot.