Tänu sellele, et Lagedi koolis on vähe õpilasi, saadakse õppetöös arvestada õpilase individuaalsust. Ainetunnid on mitmekesised: neis tehakse individuaalset ja rühmatööd, neid mitmekesistatakse arvutite pideva kasutamisega. Tähtsal kohal on õpioskuste, mõtlemisvõime, vaimseks tööks valmiduse ja loovuse arendamine. Suurt rõhku pannakse kaunitele kunstidele: muusika- ja kunstiõpetusele, tantsule ning näitlemisele.

Tunnis õpitut laiendatakse, süvendatakse huviringides ja õppekäikudel. Õppekäike korraldatakse loodusesse, muuseumidesse, teatritesse ja need on mitut klassi hõlmavad projektid.

2011. aasta sügisel alustas I klass inglise keele õppimist. Sõnavara omandatakse suuliselt vestluse, mängu, laulu ja joonistamise kaudu.

Alates I kooliastmest koostatakse referaate ja uurimistöid.

Aktiivselt võetakse osa Harju maakonna olümpiaadidest ja muudest ainevõistlustest, samuti kaunite kunstide alastest konkurssidest Rae vallas ja Harju maakonnas. Mõnigi kord ollakse nii tublid, et jõutakse üle-eestilistele võistlustele. Läbi aegade on lauljad osalenud üldlaulupidudel.

Lagedi koolis töötavad psühholoog, logopeed, õpiabi õpetaja, abiõpetaja. Paljud lapsed õpivad pärast tunde pikapäevarühmas.

Alates 2008. aasta sügisest pannakse suurt rõhku arvuti- ja meediaõpetusele. I-IV klassi arvutitundides omandatakse põhiteadmised ja -oskused, alates V klassist lõimitakse arvutiõpetus erinevate õppeainetega. Meediaõpetust antakse Lagedi koolis valikainena II ja III kooliastmes, et põhikooli lõpetaja oleks suuteline iseseisvalt orienteeruma järjest keerukamas teabekeskkonnas.

Koolitööd mitmekesistab projektõpe. Suurim projekt on igaaastane emadepäeva tähistamine võimsa kontserdi ja õpilastööde näitusega. Selle nimel tehakse terve aasta tõsist tööd. Kontserdil saavad esineda kõik õpilased. Näitusel on samuti kõikide õpilaste looming, mis on valminud töö- ja kunstiõpetuse tundides ning kunstiringides. Lisaks sellele on näitusel veel õpilaste õpimapid, uurimistööd, referaadid, kirjandite kogumikud ja fotomaterjal.

Paljudele õpilastele antakse tegutsemisvõimalus ka teistel suurtel ülekoolilistel üritustel nagu isadepäeva ja jõulukontsert, jõuluhommik, omaloominguvõistlus, emakeelepäevale ja Lagedi kooli ning Eesti Vabariigi aastapäevale pühendatud aktused.
Alates 2003. aastast võetakse osa üle-eestilisest projektist "Ökokratt". Selle projekti raames on igal kevadel kooli ümbrust koristatud, õpitud prügi sorteerima, uuritud Pirita jõe elustikku, käidud metsa istutamas, kaardistatud kooli parki, tehtud fotokonkursse, kirjandi- ja joonistusvõistlusi. Seegi projekt hõlmab tervet kooli.

2011. aasta jaanuaris alustati e-Twinning projektiga „Pictures as the best way of communication". Kutse saadi Türgi koolilt. Aasta jooksul suhtlesid õpilased Türgis ja Itaalias elavate eakaaslastega, koostasid Eestit tutvustava esitluse, tutvustasid piltide abil Lagedi koolis toimunud õpetajate päeva. Organiseeriti ka ülekooliline fotokonkurss, mille kaudu tutvustati projektipartneritele Eesti loodust.
Projektis „Kaisukarud üle maailma" osales IV klass. Õpilased tegid tööõpetuse tunnis vahvad karukesed ja kirjutasid inglise keele tunnis lookese oma kaisukarust. Kõige huvitavam karuke rändab hetkel mööda maailma.

Väga tore projekt oli loodusõpetuse päev 2011. aasta septembris. Huvitavaid teadmisi saadi parasiit- ja putuktoidulistest taimedest, samblikest, Pirita jõe elustikust ning sellest, kuidas loomad talveks valmistuvad, tegeldi liblikatega.

Spordihoone puudumisest hoolimata on kehalise kasvatuse tunnid mitmekesised: esimesel ja neljandal veerandil tegutsetakse staadionil, teisel veerandil toimub üks kord nädalas Lool ujumistund, kolmandal veerandil suusatatakse; mõneski tunnis mängitakse kabet ja malet. Koolis tegutseb ka malering ning õpilased on tublid nii maakondlikel kui vabariiklikel malevõistlustel. Igal aastal korraldatakse Kõrvemaal kooli suusapäev.

Lagedi koolis peetakse väga tähtsaks töökasvatust. Õpilased koristavad oma klassi ja hoiavad korras kooli territooriumi.