1914 mobiliseeriti ta sõjaväkke ja läkitati Soome 3. kütipolku. Lahingutes ülesnäidatud vapruse eest ülendati ta varsti lipnikuks ja 1916. aastal leitnandiks. Ta võitles arvukates lahingutes sakslastega Ida-Preisimaal ja Poolas ning Austria-Ungari vägedega Galiitsias ning Karpaatides.

Vabadussõjs osales ta 1918 aastast algul pataljoniülemana, hiljem polguülemana. Võitles Lätis Landesvehri ja Lõuna-Eestis Punaarmee vastu. Peale sõja lõppu jätkas teenistust Kaitseväes. Peale Kindralstaabi Akadeemia lõpetamist ülendati koloneliks.

1923. aastal määrati ta Võru garnisoni ja 1924. aastal Valga sõjaväeringkonna ülemaks. Veebruaris 1936 ülendati Jaan Kruus kindralmajoriks ja määrati Tartu 2. diviisi ülemaks. Tema suurimaks tööks sai Eesti Kaitseväe Värska Lõunalaagri loomine ja väljaehitamine.

Jaan Kruus oli aktiivne ühiskonnategelane. Oli Noorte Kotkaste maleva abivanem, Eesti Vabariigi ohvitseride keskkogu juhatuse liige ja Rotary klubi Tartu osakonna esimees.

Septembris 1940 määrati okupatsioonivõimude loodud territoriaalkorpuse 182. laskurdiviisi ülemaks. Juunis 1941 kutsuti täienduskursuste ettekäändel Moskvasse ja arreteeriti. Jaan Kruus lasti maha 15. mail 1942. aastal.

Loe pikemalt Lääne Elust.