15. sajandi lõpus läks mõis Uexküllide perekonna kätte. Uexküllidest on kõige värvikamalt end ajalukku kirjutanud muidugi mõisnik Johann von Uexküll, kes pärast oma talupoja mõnitamist, piitsutamist ja tapmist mõisteti Tallinna rae poolt surma ja hukati Harju väravate vahel 1535. aastal. 1598. aastal jagati pärandijagamise käigus tema tütretütarde vahel Riisipere mõis kaheks ning seda võib lugeda Uue-Riisipere mõisa alguseks. Vana-Riisipere jäi Asserieni perekonnale, kuid 1669. aastal ostis Uue-Riisipere mõisnik von Bistram Vana-Riisipere mõisa tagasi ning edasi püsisid mõlemad mõisad sama suguvõsa omandis kuni mõisate võõrandamiseni. Lisaks mainitutele on mõisavalitsejateks olnud veel Treydeni, Taube ja Stackelbergide perekonnad. Stackelbergid olidki need, kes alustasid 1810.ndatel uue mõisahoone rajamist Uue-Riisiperre.

Vana-Riisipere mõisahoone 2003. aastal

Milline oli Vana-Riisipere (AltRiesenberg) mõisahoone neil ammustel aegadel, selle kohta on meil vähe aimu. Uus peahoone ehitati 1850.ndatel ja võib arvata, et see on ehitatud Vana-Riisipere mõisa vanema ehitise müüridele. Väikese varaklassitsistliku poolkelpkatusega mõisahoone ette jäi auring, maja ümbritsesid ait, tall-tõllakuur jt kõrvalhooned. Uue-Riisipere mõisa valmides jäi Vana-Riisipere mõis tegutsema karjamõisana. Kui 1919-ndal aastal võõrandati Stackelbergidelt mõlemad mõisad, võimaldati endistel omanikel kuni 1939. aasta ümberasumiseni Vana-Riisipere mõisas elada.

Pärast teist maailmasõda ehitati mõisahoonet tublisti ümber ja sinna rajati kauplus. Hoonet on kasutatud lisaks raamatukogu, sovhoosikontori ning korteritena. Vana-Riisipere mõisas asunud kauplust mäletavad vanemad inimesed veel tänapäevalgi ning rahvasuu jutustab, et kunagi oli Uue- ja VanaRiisipere omavahel salakäiguga ühendatud.

1972. aastal oli majas tulekahju ning ilus hoone jäi varemetesse, ajapikku lagunesid ka kõrvalhooned. Tänaseks on VanaRiisipere erakätes ja praegused omanikud tegelevad mõisakoha taastamisega.