Puuviljade, marjade, aedviljade ja seente riknemist põhjustavad kolm mikroorganismide rühma: hallitusseened, pärmseened ja bakterid. Neid leidub mullas, õhus, inimese nahal, riietel ja töövahenditel. Mikroorganisme esineb rohkelt just hoidistamise ajal – suve lõpul ja sügisel.