Keskkonnaorganisatsioonid on äärmiselt nördinud, et põllumajandusministeerium on süsteemselt eiranud fakti, et Eesti põllumajanduse intensiivistamisel on negatiivne mõju siseveekogude ja Läänemere seisundile ning selle mõju ära hoidmiseks tuleb senisest tõhusamalt julgustada põllumehi kasutama keskkonnahoidlikke põllumajanduspraktikaid. Samuti ei ole maaelu arengukava ettevalmistamisel piisavalt arvestatud vajadusega toetada ja arendada selliseid loodusehoidlikke põllumajandustootmise viise nagu mahetootmine ja kõrge loodusväärtusega põllumajandus.

Leiame, et selline teguviis on mitte üksnes ohtlik keskkonnale, vaid ka diskrimineeriv nende põllumeeste suhtes, kes järjekindlalt rakendavad loodusesõbralikke majandamise viise. Samuti on põllumajandusminister ühise põllumajanduspoliitika läbirääkimistel jätnud Eestist ekslikult mulje kui riigist, kus põllumaa loodusega pole mingeid probleeme ja seetõttu ei vajavat siinsed olud poliitika rohestamist. Tegelikult on mitmed põllumajandusmaastikega seotud liigid Eestis regionaalselt ohustatud just intensiivse põllumajandusega piirkondades. Teisalt aga ohustab ääremaadel elurikkust traditsioonilise kõrge loodusväärtusega põllumajanduse hääbumine. Väärib märkimist, et põllumajandusministeerium on maaelu arengukava eelnõu väljatöötamisel arvestanud keskkonnaorganisatsioonide arvukatest ettepanekutest vaid ühega, milleks on Natura 2000 metsade toetusmeetme käivitamine ning seegi on toimunud keskkonnaministri ja erametsaomanike tugeva poliitilise surve tulemusena. Sellise "poliitkauplemise" asemel peaks EKO liikmete arvates vastutav ministeerium süsteemselt ja läbivalt maaelu arengukavas tegelema vajadusega toetada põllumajanduse säästvat arengut.

EKO esindajad on viimase poole aasta jooksul osalenud kümnetel koosolekutel ja kirjalikel konsultatsioonidel ning andnud oma panuse, et arengukava kujuneks keskkonda arvestavamaks. Kuivõrd aga eksperttöörühmade ja juhtkomisjoni koosolekute tulemusena on valminud arengukava eelnõu, mis ei arvesta keskkonnakaitse vajadustega ning põllumajandusministeerium on ühes oma viimases kirjas EKO liikmetele öelnud, et ei näe võimalust ettepanekutega arvestamiseks, siis kutsuvad EKO liikmed oma esindaja juhtkomisjonist tagasi. Eriti taunivad EKO liikmed praktikat, kus töörühmades varem kokku lepitud meetmeid ilma selge põhjenduseta hiljem ühepoolselt muudetakse. Ühtlasi peame vajalikuks rõhutada, et ministri käskkirjaga määratud organisatsioonide esindajate kogus otsuste langetamine hääletuse teel ei ole demokraatlik, sest komisjonil, mille moodustamise aluseks ei ole valimised, puudub mandaat sellisteks hääletusteks. Seetõttu ei saa põhjendada ühte või teist otsust juhtrühmas läbi viidud hääletusega, vaid kõigi seni langetatud otsuste eest on sisuliselt vastutav põllumajandusminister.