Karstiala on tundlik igasugusele sekkumisele, ehitusega kaasnevad keskkonnakahjud võivad osutuda korvamatuteks, jättes kuivaks lähipiirkonnas loetletud tuhatkond kodukaevu, muuhulgas Tuhala Nõiakaevu. Karstiala läbiv raudteekoridor võib põhjustada tõsiseid keskkonnaalaseid probleeme ning seab ohtu põhjavee kvaliteedi.

Viimasest ajaperioodist on eesseisvate probleemide ehedaks näiteks hiljutised Tallinn-Tartu maantee laiendamise käigus avastatud karstikoobaste varingud, mis viitab ebapiisavatele geoloogilistele uuringutele. Kaubarongide põhjustatud vibratsioon võib esile kutsuda karstialale iseloomulikke ootamatuid maapinnavaringuid veel järgnevate aastakümnete jooksul pärast trassi kasutusele võtmist.

Ka Keskkonnaministeerium, kes on kõnealuse KSH järelvalvaja KeHJS & 38 lg 1 kohaselt, ei pea võimalikuks ehitada kiirraudteed üle Nabala karstiala.

Nabala Keskkonnakaitse ühingu juht Tanel Otsa sõnul on äärmiselt murettekitav, et hoolimata Keskkonnaministeeriumi korduvast tähelepanu juhtimisest probleemile, ei ole neid seisukohti seni arvestatud. Ka pole esitatud ühtki tõsiseltvõetavat argumenti, miks Rail Baltic ei võiks kulgeda Tallinnast mööda olemasolevat raudteekoridori.

„AECOMi tasuvusuuringus on välja pakutud kõige otsesema ja odavama variandina olemasolev Tallinn-Pärnu suunaline raudteekoridor. Nii näemegi lätlaste eeskujul täna võimalusena kasutada olemasolevaid trasse, mis ei seaks ohtu loodusväärtusi ja kus sotsiaalne infrastruktuur on juba välja arenenud raudteest sõltuvalt,“ lausus Ots.

Ka Jõelähtme ja Rae vald on edastanud ametliku kirja, et eelistavad Rail Balticu olemasolevat koridori, mis kulgeks trassi algusosas Röa külani suuresti piki praegust raudteeliini.