Eesti lipu kasutamise kord on reguleeritud Eesti lipu seadusega. Seadus sätestab, et iseseisvuspäeval heisatakse Eesti lipp kõikidele elu-, äri- ja büroohoonetele.

Eesti lipp on nii riigi- kui rahvuslipp, seetõttu tuleb seda kohelda austuse ja väärikusega. Eesti lipu heiskamise õigus on igaühel, nii füüsilisel kui juriidilisel isikul.

Eraisikud võivad lisaks lipupäevadele heisata Eesti lipu isiklikel ja kogukondlikel tähtpäevadel. Kolmel lipupäeval – iseseisvuspäeval, võidupühal ja taasiseseisvumispäeval – heisatakse lipud kõikidele elu-, äri- ja büroohoonetele.

Heisatav lipp peab vastama seadusega kehtestatud etalonile ning olema puhas ja terve. Lipu heiskamine õnnestub paremini kahekesi. Üks heiskaja kinnitab mastinöörid lipu nurkade külge, teine hoiab samal ajal lippu nii, et see ei puutuks maapinda või läheduses olevaid esemeid. Tuulise ilmaga heisatakse lipp lipumasti allatuult küljest, et lipp ei keerduks ümber lipumasti. Lipp heisatakse rahulike tõmmetega, hoides samal ajal lipu alanurgast tulevat mastinööri parajalt pingul. Lipp tõmmatakse alati masti tippu välja. Pingul mastinöörid võib keerata kord või paar masti ümber, et need tuules vastu masti ei peksleks. Seejärel kinnitatakse algul tõstenöör ja siis langetusnöör masti allosas oleva kinnituskonksu külge.

Lipu langetamisel võtab abistaja lipu vastu nii, et see ei puutuks maapinda. Mastinööridest vabastatud lipp pannakse kokku ja asetatakse hoiukarpi või -kotti.

Tugeva tormiga lippe ei heisata.

Eesti lipp heisatakse hoonetele lipupäevadel päikesetõusul, kuid mitte hiljem kui kell 8.00 ja langetatakse päikeseloojangul, kuid mitte hiljem kui kell 22.00.