Parmasto üheks oluliseks panuseks seeneteadusse on kindlasti tema kaasosalusel publitseeritud molekulaarsetel tunnustel põhinev kõigi seente uus süsteem, mis leiab järjest enam tunnustust kogu maailmas. See 2007. aastal ajakirjas Mycological Research avaldatud artikkel on jätkuvalt üks Eesti Maaülikooli enim tsiteeritud artikleid ja oli aastaid juhtiva mükoloogilise ajakirja enim allalaaditud kirjatükke.

Erast Parmasto panus Eesti seeneteadusesse on ääretult suur. 1989. aastal korraldas ta Eestis X Euroopa mükoloogide kongressi, mis kujunes sellest osavõtjatele meeldejäävaks veel ka seetõttu, et toimus samal ajal Balti ketiga. Kongressist võttis siis osa 245 inimest 20 riigist.

Parmasto on uurinud seente liigiteket, fülogeneesi, ökoloogiat ning süstemaatikat ning publitseerinud hulgaliselt teaduskirjutisi erinevates väljaannetes.