Moodustatav Keskkonnaagentuur on Eesti Meteoroloogia ja Hüdroloogia Instituudi ning Keskkonnateabe Keskuse õigusjärglane. Eesti ilmateenistus jätkab ühendatud asutuse koosseisus seniste struktuuriüksuste ja inimestega.

Keskkonnaagentuuri loomise eesmärk on riigi funktsioonide parem täitmine, koordineeritud juhtimise tagamine ning ressursside tõhusam kasutamine riikliku keskkonnaseire programmi täitmisel, keskkonnavaldkonna riigisisese ja rahvusvahelise aruandluskohustuse täitmisel, keskkonnaseisundi hinnangute ja ilmaprognooside koostamisel.

Keskkonnaseire on keskkonnaseisundi ja seda mõjutavate tegurite järjepidev jälgimine, keskkonnaseisundi hindamine ja muutuste prognoosimine. Keskkonnapoliitika kujundamise ja rakendamise eeltingimuseks on asjakohane ja usaldusväärne teave keskkonnaseisundi kohta.

Keskkonnaagentuuri juhi kohustusi hakkab täitma praegune EMHI peadirektor Jalmar Mandel.