Riigikohus märkis, et kuna haldusterritoriaalse korralduse muutmine on riigielu küsimus, siis peab vastavalt põhiseadusele sellega seotud kulud täies ulatuses kandma riik ning muus osas jäid omavalitsuste taotlused rahuldamata.

Riigikohus on seisukohal, et põhiseaduse järgi võib muuta omavalitsuste piire, kui see ei toimu meelevaldselt. Samuti on haldusterritoriaalse korralduse muutmine ette nähtud seaduses ning korrakohaselt vastu võetud ja mis on hoolimata sätete keerukusest ka piisavalt mõistetavad.

Kolleegiumi kinnitusel pole 5000 elaniku kriteerium ainus, mida haldusterritoriaalse korralduse muutmisel arvestada tuleb ning seadus võimaldab valitsusel jätta alla 5000 elanikuga omavalitsusüksus ühendamata, kui selleks on kaalukad põhjused.

Kolleegium leidis, et haldusreformi seaduses sätestatud tähtajad on lühikesed, kuid mitte ebapiisavad, et omavalitsusüksused saaksid teha ühinemise jaoks vajalikud toimingud, sealhulgas volikogude 2017. aasta valimistega seotud toimingud.

Riigikohtu kinnitusel on omavalitsusüksustel võimalik esitada valitsuse algatatud ühinemise kohta põhjendatud arvamus ning see tagab neile põhiseadusega sätestatava ärakuulamisõiguse.

Riigikohus tõdes, et kuna haldusterritoriaalne reform toimub vahetult enne kohaliku omavalitsuse volikogude valimisi 2017. aastal, siis võib see tekitada põhiseaduslikke probleeme valijatele ja valitavatele, kuid nende õiguste kaitseks ei saa omavalitsusüksused riigikohtusse pöörduda.

Kolleegium leidis, et vastuolu põhiseadusega pole ka selles, et omavalitsusüksusi koheldakse ühinemiste rahastamisel erinevalt ning olenevalt sellest, kas ühinemise algatavad omavalitsusüksuste volikogud või valitsus.

Riigikohtu hinnangul on selline kohtlemine põhiseaduspärane ja selleks, et soodustada omavalitsusüksuste volikogusid ühinemist algatama.

Kolleegium on seisukohal, et omavalitsusüksuste erinev kohtlemine ei ole meelevaldne. Haldusterritoriaalse korralduse muutmisega seotud kulude erineva hüvitamise eesmärgiks on soodustada omavalitsusüksuste ühinemist omavalitsusüksuste volikogude algatusel. Kui haldusterritoriaalse korralduse muutmine toimub omavalitsusüksuste volikogude algatusel, sekkub riik vähem omavalitsusüksuste enesekorraldusõigusesse, omavalitsusüksustel on paremad võimalused valiku tegemiseks ja ühinemise elluviimiseks on rohkem aega. Seadusandja on näinud ette ka erandid juhtudeks, kui Vabariigi Valitsus muudab omavalitsusüksuse haldusterritoriaalset korraldust olukorras, kus volikogud on juba omal algatusel ühinenud.

Riigikohtult taotlesid haldusreformi seaduse põhiseadusele vastavuse kontrollimist 26 kohaliku omavalitsuse üksust - Kõpu vallavolikogu, Juuru vallavolikogu, Tõstamaa vallavolikogu taotlused ning Abja vallavolikogu, Emmaste vallavolikogu, Haaslava vallavolikogu, Illuka vallavolikogu, Järvakandi vallavolikogu, Kambja vallavolikogu, Karksi vallavolikogu, Kullamaa vallavolikogu, Kõo vallavolikogu, Käina vallavolikogu, Leisi vallavolikogu, Loksa linnavolikogu, Luunja vallavolikogu, Lüganuse vallavolikogu, Mäetaguse vallavolikogu, Nõo vallavolikogu, Pala vallavolikogu, Pöide vallavolikogu, Pühalepa vallavolikogu, Rakke vallavolikogu, Tudulinna vallavolikogu, Vaivara vallavolikogu ja Ülenurme vallavolikogu - , mis leidsid, et haldusreformi seadus rikub kohalikule omavalitsusele põhiseadusega ette nähtud tagatisi.