Eestil on lisaks üks kõige terviklikumaid tähtsusjärjestatud tegevuskavasid, mida on edukalt kasutatud ka Natura 2000 aladele rahastuse saamiseks ELi fondidest.

Eesti on käesoleval rahastamisperioodil 2014–2020 planeerinud ELi eri meetmeid kasutada järgmiselt: ühtekuuluvusfondist on kaitsealuste liikide ja elupaikade säilitamiseks ning taastamiseks ette nähtud 53 miljonit eurot; maaelu arengukavast poollooduslike alade toetuseks 40 miljonit eurot, Natura erametsatoetuseks 28 miljonit eurot, kudealade taastamiseks kolm miljonit eurot ja Natura põllutoetuseks neli miljonit eurot.