Samuti on programmist uuendusena nähtud ette rahastamine kuni 10 000 euro ulatuses selleks, et programmi piirkonna omavalitsused saaksid ühiselt kavandada Peipsiveere järgmise kümne aasta prioriteetseid arenguprojekte. Samasugune võimalus avaneb ka Setomaa arengu programmi ja väikesaarte programmi piirkonnale, samuti Vana-Võrumaale ning Mulgimaale.

Peipsiveere programmi eesmärgiks on aidata kaasa Peipsiäärse piirkonna ja vanausuliste kogukonna jätkusuutlikule arengule läbi kohapealse ettevõtluskeskkonna ja inimkapitali arendamise, piirkonna turunduse ning Peipsi järve atraktiivsuse suurendamise ja mitmekesisema kasutamise, toetudes piirkonna kultuurilis-loodusliku eripära kui spetsiifilise arengupotentsiaali rakendamisele. Programmi sihtpiirkonnaks on Tudulinna, Iisaku, Alajõe ja Lohusuu vald Ida-Viru maakonnas; Mustvee linn, Pala ja Kasepää vald Jõgeva maakonnas ning Kallaste linn, Meeksi, Vara, Võnnu, Piirissaare, Peipsiääre ja Alatskivi vald Tartu maakonnas.

Programmi raames on võimalik taotleda toetust ettevõtluskeskkonna edendamiseks, sealhulgas noorte ettevõtlusalasteks koolitusteks ja sidumiseks Peipsiveere ettevõtetega, ettevõtjatele tugiteenuste pakkumiseks, ettevõtjate tööjõuvajadusest tulenevaks elanike ümber- ja täiendõppeks. Samuti toetatakse Peipsiveere mainekujunduslikku tegevust ja piirkondlikku koostööd, tegevusi Peipsi järve mitmekesisemaks kasutamiseks ning investeeringuid ühiskasutuse funktsioonides olevatesse hoonetesse ja rajatistesse.

Peipsiveere regionaalprogrammi rahastatakse riigieelarvest ning käesoleval aastal on riigieelarveline toetus kokku 256 000 eurot. Samas mahus on eraldis olnud ka 2011. ja 2012. aastal. Ühe projekti kohta on toetuse suurus kuni 32 000 eurot.

Toetust on võimalik taotleda piirkonnas tegutsevatel mittetulundusühingutel ja sihtasutustel, juhul kui projektis kavandatud tegevused kuuluvad nende põhikirjaliste tegevuste hulka, ning programmi piirkonna kohalikel omavalitsustel. Eeltaotlused projektide tegevuskavasse nimetamiseks esitatakse Tartu maavalitsusele maavalitsuse poolt välja kuulutatava taotlusvooru tähtajaks.