Riigi seatud eesmärkide väljund- ja tulemusnäitajad on põllumajandusministeeriumi kogutud andmete järgi ületatud, mõnel juhul koguni mitmekordselt. Arvud, mida Euroopa Komisjonile raporteerida, on head ja programmi võib nende põhjal lugeda kordaläinuks.

Siiski hakkas silma ka probleeme – näiteks on vaja parandada toetatavate projektide valiku läbipaistvust ja selgelt põhjendada, miks üks projekt saab raha ja teine jääb ilma. Samuti on probleem loodud töökohtadega, mis on programmi edukuse mõõtmisel oluline näitaja. Seirenäitajate järgi on loodud hulga töökohti, kuid analüüsitud ühingute majandusaasta aruanded näitavad, et programmi elluviimise käigus loodud töökohad on pigem ajutise iseloomuga.

Praegusel uuel eelarveperioodil on oluline eelmise toetusperioodil probleemidest õppida, sest Eesti maapiirkondadel on kuni aastani 2020 programmi abil kasutada isegi rohkem raha, kui varem – 86 miljoni asemel ca 90 miljonit eurot.