Eesti läänerannikul ja saartel võib muguljuur veel täitsa tavaline olla, ehkki üldiselt enam mitte nii ohtralt levinud kui aastakümnete eest. Harvadest sisemaa leiukohtadest on muguljuur nüüdseks paraku kadunud, erandiks Tartumaa allikasood.