Euroopa Komisjon heidab Natura aladega seonduvalt Eestile ette kaht asja. Esiteks, et me ei ole rakendanud Natura aladel toimuvate tegevuste, mh metsaraiete puhul alati piisavas mahus loodusdirektiivi kohast mõjude hindamist (Natura hindamine). Ning teiseks, et Eestis pole kõigile Natura aladele kehtestatud kaitsekorralduskavasid või ei ole need küllalt üksikasjalikud, et vajalikku kaitset tagada.