Eestis on vesipüksid iga-aastased ja tüüpilised saarte läänerannikule, kuid üsna sagedased ka Väinamerel, Liivi lahel ja Soome lahel. Suurem Vesipüksihooaeg on augustis ja septembris, kui vesi on soe, aga õhumassid juba külmemad. Mõnikord võivad tekkida vesipüksiseeriad, mis tähendab, et korraga tekib mitu vesipüksi või tekivad need üksteise järel.