Nahkhiired võivad sarnaselt teistele loomadele olla peremeheks erinevatele haigustekitajatele. Eesti tingimustes võib nahkhiirte puhul kõne alla tulla eelkõige kaks viirust – marutõve viirus ja haruldasem on Euroopa nahkhiire lüssaviirus (EBLV), eelkõige selle tüüp EBLV-2, mis põhjustab marutõvele sarnaseid sümptomeid.