1997. aasta 17. juunist alates on Alam-Pedja rahvusvahelise tähtsusega märgala (nn Ramsari ala) ning 2004. aastast alates üle-euroopalise kaitsealade võrgustiku Natura 2000 linnu- ja loodusala.

Alam-Pedja on unikaalne soode, metsade ja niitude kompleks Emajõe ülemjooksul, ürgse Võrtsjärve nõos, kuhu voolavad kokku Pandivere kõrgustikult mööda Pedja ja Põltsamaa jõge laskuvad veed. Esialgu 26 000 hektari suurune kaitseala on praeguseks laienenud ligi 34 400 hektarini. Suur osa territooriumist oli ligi pool sajandit enne kaitseala moodustamist NSVL armee väljaõppepolügoon.

Alal pole ühtegi läbivat teed ning alalisi elanikke on alla kümne. Seevastu elavad Alam-Pedjal peaaegu kõik Eestis kohatud kotkaliigid. Kokku on siin registreeritud ca 200 linnuliiki, neist haudelinde üle 150 liigi. Lisaks on siin 485 soontaime-, 184 sambla-, 680 seene-, 272 sambliku-, 22 limuse-, 32 kiili-, 410 suurliblika-, 35 kala- ja 11 kahepaikseliiki. Veel leidub Alam-Pedja looduskaitsealal üle 100 mardikalise, kaks roomaja- ning 43 imetajaliiki. Enam kui 90% kaitsealast hõlmavad loodusdirektiivi 19 erinevat elupaigatüüpi.