Emajõgi, Ilmatsalu, Elva, Pedja ja Põltsamaa jõgi asuvad Emajõe-Pedja-Põltsamaa piiranguvööndis. Neil veekogudel on lubatud kalapüük ning mootorita ujuvvahendiga sõitmine. Mootoriga ujuvvahendiga on lubatud sõita Emajõel, Elva (Ulila) ja Ilmatsalu jõel ning kaitseala valitseja kirjalikul nõusolekul ka Pede ja Põltsamaa jõel. Veesõidukite maksimaalseks lubatud kiiruseks kaitsealale jäävatel jõgedel on 30 km/h

Vanajõgedel kalastamisel on piirangud märksa keerulisemad, sest lisaks kaitse-eeskirjale kehtestab piirangud ka kalapüügieeskiri.

Jõesuu sihtkaitsevööndis (Võrtsjärvest kuni Pedja jõe suudmeni) on kalapüük lubatud. Sellest edasi jäävas Samblasaare sihtkaitsevööndis, Jõesuu piiranguvööndis ja Emajõe luha sihtkaitsevööndis on kalapüük vanajõgedes ja sootides keelatud 1. aprillist 30. juunini.

Kuigi kaitseala kaitse-eeskiri lubab Emajõe luha sihtkaitsevööndisse jäävatel vanajõgedel kala püüda kuni 14. aprillini tuleb siinkohal ikkagi lähtuda kalapüügieeskirjast, mis sätestab piirangu varasema algusaja ehk siis 1. aprilli.

Emajõe luha sihtkaitsevööndis on nii vanajõgedel kui kaldal keelatud viibida 15. aprillist 30. juunini.

Paadiga sõitjad peavad aga arvestama sellega, et mootori kasutamine on vanajõgedel keelatud aastaringselt. Keeld kehtib ka elektrimootorite kohta.