1960. aastate algul rajatud nõukogude laevastiku tuumaallveelaevade õppekeskuses seisati reaktorid 1989. aastal ning tuumkütus eemaldati viis aastat hiljem. Samas jäi Eesti Vabariigile kogu vastutus endisele tuumaobjektile jäävate radioaktiivsete jäätmete ohutu käitlemise ning tuumareaktorite dekomisjoneerimise eest. Endise tuumaobjekti ohutustamisega tegeleb Majandus- ja Kommunikatsiooniministeeriumile kuuluv AS A.L.A.R.A.

Aastatel 1995-2013 tehti Paldiskis suuremahulisi ohutustamise töid. Lammutati mittevajalikke hooneid ning ehitati rahvusvahelistele ohutusnõuetele vastav radioaktiivsete jäätmete vahehoidla. Samuti on tagatud reaktorisektsioonide ohutu hoiustamine. Samas ei ole praeguseks selge, kuidas reaktorisektsioonid ohutuks muuta, millises mahus ja missuguseid jäätmeid selle tulemusena tekib ning kuhu need paigutada.

Olemasolevate ja tööde käigus juurde tekkivate radioaktiivsete jäätmete iseloomustamiseks on vaja välja töötada metoodika ning soetada vastav seade - gammaspektromeeter. Selle abil on võimalik jäätmeid parimal võimalikul moel  mahtu tükeldada, pakendada ja hoiustada vastavalt nendest lähtuvale ohule.

Oluliseks probleemiks on veel aga jäätmete ladustamine. Praegu Paldiskis asuv vahehoidla ei suuda mahutada lahtivõetavaid reaktorisektsioone. Seetõttu tuleb alustada uuringuid jäätmete lõppladustuskoha rajamiseks.