tegutsenud luterlik kogudus. 1860. aastal jaotati kogudus linna- ja maakoguduseks, viimane ehitas endale uue pühakoja - Pauluse kiriku, mis pühitseti 1866. aastal. Jaani kirik jäi linnakoguduse pühakojaks. Kui viimane 1952. aastal Nõukogude võimu poolt koguduselt võõrandati ja kaubalaoks muudeti, liitus Jaani kogudus Pauluse kogudusega ning taastati 8. mail 1991. Viimased 20 aastat on Viljandis taas tegutsenud 2 luterlikku kogudust. 

29. juunil sõlmivad Viljandi Jaani ja Pauluse kogudused koostööleppe, mille eesmärgiks on rõõmusõnumi kuulutamine kõikidele inimestele Viljandi linnas ja kihelkonnas, luterliku kiriku vaimse ja kultuuripärandi hoidmine, arendamine ja tutvustamine, pühakodade hoidmine ja kaitsmine praeguste ja tulevaste põlvede jaoks, koguduste nähtavus kogukonnas ja avalikus meedias, kristlikel väärtustel põhineva hariduse edendamine ning koostöö kohalike omavalitsuste, ettevõtjate ja kodanikeühendustega kristlike ja rahvuslike väärtuste kujundamisel ning õiglase, inimväärika ja loodushoidliku elukeskkonna loomisel ja säilitamisel.

Koostööleppega nähakse ette ühistegevus jumalateenistuselus, koolitustegevuses, laste-, noorte- ja peretöös, muusikaelus, diakooniatöös, samuti avalikkussuhete, majandustegevuse ning partnerlus- ja välissuhete korraldamisel. Koostööleppele kirjutavad alla Viljandi Jaani koguduse õpetaja Marko Tiitus ja juhatuse esimees Tarmo Loodus ning Viljandi Pauluse koguduse õpetaja Mart Salumäe ja juhatuse esimees Helmen Kütt. Pidulikul jumalateenistusel Pauluse kirikus teenivad mõlema koguduse vaimulikud ja muusikud, jutlustab peapiiskop Andres Põder, kes osaleb 29. juunil ka Viljandi Linnavolikogu infotunnis. Teadaolevalt on Eesti kirikuloos tegemist esimese koostööleppega kahe samas linnas tegutseva luterliku koguduse vahel. Koostöölepe näeb ette koostöökogu moodustamise, mida hakkavad juhtima Jaani ja Pauluse koguduste õpetajad ning kuhu kuuluvad koguduste juhatuste, nõukogude ning muusikatöö, laste- ja noortetöö ning diakooniatöö juhid.